ปี พ.ศ. 2548 สำนักงานตรวจคนเข้าเมืองปรับปรุงโครงสร้างครั้งที่ 10 เมื่อวันที่ 30 มิ.ย. 2548 ศตม.ก.ใต้ ได้รับการจัดตั้งขึ้นครั้งแรกตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการสำนักงานตำรวจแห่งชาติ พ.ศ.2548 (ประกาศ รจ.เล่ม 122 หน้า 12-13 ลงวันที่ 30 มิถุนายน 2548) โดยมี พ.ต.อ.สายัณห์ กระแสแสนธุ์ เป็นรอง ผบก.ศตม.ก.ใต้ คนแรก ใช้ด่าน ตม.หาดใหญ่ เป็นที่ทำการชั่วคราว ระหว่างวันที่ 5 ก.ค. 2548 ต่อมา เมื่อวันที่ 1 ส.ค. 2548 มีสถานที่ทำการเป็นอาคารเช่า อยู่ที่ 1/8 ถ.ศรีภูวนารถ อ.หาดใหญ่ จ.สงขลา เมื่อวันที่ 9 ธ.ค. 2548 ย้ายที่ทำการอาคารเช่ามาอยู่ที่ 535/2-3 อ.หาดใหญ่ จ.สงขลา มีอำนาจหน้าที่ในการควบคุม สั่งการ กำกับดูแล การปฏิบัติงานของด่านตรวจคนเข้าเมืองในสังกัด ให้เป็นไปตามกฎหมาย ว่าด้วยคนเข้าเมืองและกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้องในการรักษาความสงบเรียบร้อย และความมั่นคงของชาติ การอำนวยความยุติธรรม และการบริการคนเข้าเมืองให้มีประสิทธิภาพสูงสุด มีด่านตรวจคนเข้าเมืองในสังกัด 21 ด่าน ดังนี้

1. ด่าน ตม.สุราษฏร์ธานี	12. ด่าน ตม.บูเก๊ะตา
2. ด่าน ตม.สมุย	13. ด่าน ตม.เบตง
3. ด่าน ตม.ระนอง	14. ด่าน ตม.ภูเก็ต
4. ด่าน ตม.นครศรีธรรมราช	15. ด่าน ตม.พังงา
5. ด่าน ตม.สะเดา	16. ด่าน ตม.กระบี่
6. ด่าน ตม.หาดใหญ่	17. ด่าน ตม.กันตัง
7. ด่าน ตม.ปาดังเบซาร์	18. ด่าน ตม.สตุล
8. ด่าน ตม.ท่าเรือสงขลา	19. ด่าน ตม.ควนโดน
9. ด่าน ตม.ปัตตานี	20. ด่าน ตม.ทอ.ภูเก็ต
10. ด่าน ตม.ตากใบ	21. ด่าน ตม.ทอ.หาดใหญ่
11. ด่าน ตม.สุไหงโก-ลก

ปี พ.ศ. 2552 สำนักงานตรวจคนเข้าเมืองได้ปรับโครงสร้าง ครั้งที่ 11 ตาม พ.ร.ฏ.แบ่งส่วนราชการสำนักงานตำรวจแห่งชาติ พ.ศ.2552 (ประกาศ รจ. เล่ม 126 หน้า 2 ลงวันที่ 6 กันยายน 2552) มีผลตั้งแต่วันที่ 7 กันยายน 2552 และกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการเป็นกองบังคับการหรือส่วนราชการอย่างอื่น ในสำนักงานตำรวจแห่งชาติ พ.ส.2552 ศตม.ก.ใต้ ยกฐานะเป็น บก.ตม.6 โดยมี พล.ต.ต.ชนาภัทร เชยสมบัติ เป็น ผบก.ตม.6 คนแรก เมื่อวันที่ 28 ธ.ค. 2552 ได้ย้ายที่ทำการมาอยู่ที่ 94 ม.1 ต.ทุ่งตำเสา อ.หาดใหญ่ จ.สงขลา มีนาจหน้าที่ในการ ควบคุม สั่งการ กำกับดูแล การปฏิบัติงานของ ตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดในสังกัด ให้เป็นไปตามกฎหมาย ว่าด้วยคนเข้าเมืองและกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้องในการรักษาความสงบเรียบร้อยและความมั่นคงของชาติ การอำนวยความยุติธรรม และการบริการคนเข้าเมืองให้มีประสิทธิภาพสูงสุด มีตรวจคนเข้าเมืองจังหวัด ในสังกัดจำนวน 11 หน่วยประกอบด้วย

1. ตม.จว.ระดับ ผกก. จำนวน 4 จังหวัด ได้แก่
1.1 ตม.จว.ภูเก็ต
1.2 ตม.จว.สงขลา มีด่าน ตม.ในสังกัด 4 ด่าน ได้แก่
1) ด่าน ตม.สะเดา
2) ด่าน ตม.ปาดังเบซาร์
3) ด่าน ตม.ท่าเรือสงขลา
4) ด่าน ตม.บ้านประกอบ
1.3 ตม.จว.สตูล มีด่าน ตม.ในสังกัด 3 ด่าน ได้แก่
1) ด่าน ตม.สตูล
2) ด่าน ตม. ควนโดน
3) ด่าน ตม.กันตัง
1.4 ตม.จว.นราธิวาส มีด่าน ตม.ในสังกัด 3 ด่าน ได้แก่
1) ด่าน ตม.สุไหงโก-ลก
2) ด่าน ตม.ตากใบ
3) ด่าน ตม.บูเก๊ะตา

2. ตม.จว.ระดับ สวญ. จำนวน 2 จังหวัด ได้แก่
2.1 ตม.จว.ระนอง
2.2 ตม.จว.สุราษฏร์ธานี มีด่าน ตม. ในสังกัด 2 ด่าน ได้แก่
1) ด่าน ตม.สุราษฏร์ธานี
2) ด่าน ตม.สมุย

3. ตม.จว.ระดับ สว. จำนวน 5 จังหวัด ได้แก่
3.1 ตม.จว.นครศรีธรรมราช
3.2 ตม.จว.กระบี่
3.3 ตม.จว.พังงา
3.4 ตม.จว.ปัตตานี
3.5 ตม.จว.ยะลา

ปี พ.ศ.2555 สำนักงานตำรวจแห่งชาติได้ประกาศปรับโครงการตามมติ ก.ตร. เรื่อง กำหนดหน่วยงานและเขตอำนาจการรับผิดชอบหรือเขตพื้นที่การปกครองของส่วนราชการ (ฉบับที่ 7) พ.ศ.2555 ลง 30 มีนาคม 2555 แก้ไขเปลี่ยนแปลงเขตอำนาจการรับผิดชอบหรือเขตพื้นที่รับผิดชอบของตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดสงขลา โดยให้จัดตั้งด่านตรวจคนเข้าเมืองปาดังเบซาร์ ให้อยู่ในเขตอำนาจรับผิดชอบ หรือเขตพื้นที่การปกครองของกองบังคับการตรวจคนเข้าเมือง 6 เพิ่มเติม และเมื่อวันที่ 1 ต.ค. 2555 พล.ต.ต.ชาตรี วุฒิภักดิ์ ได้รับการแต่งตั้งดำรงตำแหน่ง ผบก.ตม.6 เป็นท่านที่สอง

1. ด่าน ตม.สุราษฏร์ธานี	12. ด่าน ตม.บูเก๊ะตา
2. ด่าน ตม.สมุย	13. ด่าน ตม.เบตง
3. ด่าน ตม.ระนอง	14. ด่าน ตม.ภูเก็ต
4. ด่าน ตม.นครศรีธรรมราช	15. ด่าน ตม.พังงา
5. ด่าน ตม.สะเดา	16. ด่าน ตม.กระบี่
6. ด่าน ตม.หาดใหญ่	17. ด่าน ตม.กันตัง
7. ด่าน ตม.ปาดังเบซาร์	18. ด่าน ตม.สตุล
8. ด่าน ตม.ท่าเรือสงขลา	19. ด่าน ตม.ควนโดน
9. ด่าน ตม.ปัตตานี	20. ด่าน ตม.ทอ.ภูเก็ต
10. ด่าน ตม.ตากใบ	21. ด่าน ตม.ทอ.หาดใหญ่
11. ด่าน ตม.สุไหงโก-ลก

ปี 2562 ประกาศสำนักงานตำรวจแห่งชาติ พ.ศ.2562 (ประกาศ รจ. เล่ม 136 หน้า 9 ลงวันที่ 5 กุมภาพันธ์ 2562) และระเบียบสำนักงานตำรวจแห่งชาติว่าด้วยการกำหนดอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการสำนักงานตำรวจแห่งชาติ (ฉบับที่ 16) พ.ศ.2562 ลงวันที่ 31 มกราคม 2562 ปรับโครงสร้างของสำนักงานตำรวจตรวจคนเข้าเมือง โดย กองบังคับการตรวจคนเข้าเมือง 6 มีหน่วยงานในสังกัด ดังนี้

1. กองกำกับการอำนวยการ	11. ตม.จว. สุราษฎร์ธานี
2. กองกำกับการบริการคนต่างด้าว	12. ตม.จว.พังงา
3. กองกำกับการสืบสวนสอบสวน	13. ตม.จว.ชุมพร
4. กองกำกับการเทคโนโลยีตรวจคนเข้าเมือง	14. ตม.จว.ตรัง
5. ตม.จว.ภูเก็ต	15. ตม.จว.ปัตตานี
6. ตม.จว.สงขลา	16. ตม.จว.พัทลุง
7. ตม.จว.สตูล	17. ตม.จว.นครศรีธรรมราช
8. ตม.จว.นราธิวาส	18. ตม.จว.ยะลา
9. ตม.จว.กระบี่	19. ด่าน ตม.เบตง
10. ตม.จว.ระนอง